Le malattie autoimmuni possono coinvolgere un singolo organo (ad esempio nel caso della tiroidite di Hashimoto) od agire a livello sistemico come avviene nel caso della SLE. La distribuzione dell'autoantigene determina ampiamente le manifestazioni della malattia.

Per una descrizione dettagliata delle singole malattie autoimmuni ci si riferisca a testi specialistici. Di seguito ne è elencata una piccola selezione. Alcune definizioni di malattie autoimmuni possono essere riscontrate nella sezione del sito dedicata ai marcatori autoimmunitari.
Raggruppamento di malattie autoimmuni
Nel caso di una malattia autoimmune non specifica a un organo spesso si rileva, nello stesso individuo, una sovrapposizione di profili autoanticorpali e di caratteristiche cliniche. Di conseguenza, un paziente può presentare alcune caratteristiche della SLE ed altre della sclerodermia; in tali casi si parla di "sindrome non differenziate" (overlap syndrome). È inoltre possibile che lo stesso individuo presenti contemporaneamente due malattie autoimmuni completamente diverse (ad esempio, malattia tiroidea e artrite reumatoide). Ciò avviene molto più spesso di quanto ci si aspetterebbe per caso. In modo simile, può verificarsi una concentrazione di malattie autoimmuni all'interno della stessa famiglia. Questo fenomeno può essere spiegato solo in parte su base genetica, ma ciò non vale nel caso, ad esempio, di due sorelle in cui una sviluppa un'anemia perniciosa mentre l'altra lamenta una tiroidite di Hashimoto.
Altri libri di specialisti:
- Rose NR, Mackay IR (1998) The autoimmune diseases, 3rd edition. Academic Press, San Diego, CA, USA
- Ollier W, Symmons DPM (1992) Autoimmunity. BIOS Scientific Publishers Limited, Oxford, Great Britain
- Stites DP, Terr AI, Parslow TG (1997) Medical Immunology, 9th edition. Appleton & Lange, Stamford, CT, USA