La gastrite auto-immune est un trouble auto-immun de l'estomac dû à la présence d'anticorps circulant contre les cellules pariétales, caractérisé par une inflammation et une atrophie de la muqueuse métaplasique antrale, pseudopylorique et intestinale. La destruction des glandes mucosales entraîne une achlorhydrie et une baisse de la production du facteur intrinsèque, conduisant dans les cas sévères à un problème d'assimilation de la vitamine B12 et à une anémie pernicieuse.
On l'appelle également glomérulonéphrite atrophique corporelle diffuse ou glomérulonéphrite de type A.